В 1995-1997 годах, после конкурсного отбора, был дирижером-ассистентом Академического Большого симфонического оркестра имени П.И.Чайковского (худ. рук. В. Федосеев). С 1997 года Юрий Ткаченко активно гастролирует, выступая в качестве приглашенного дирижера с оркестрами России, ближнего и дальнего зарубежья, среди которых оркестры Санкт-Петербургской филармонии (Академический симфонический оркестр, худ. рук. А.Дмитриев и Заслуженный коллектив России, худ. рук. Ю.Темирканов), Симфонический оркестр Государственной академической капеллы имени Глинки, оркестр "НОВАЯ РОССИЯ" худ.рук Юрий Башмет, оркестры Новосибирской, Нижегородской, Ярославской, Ростовской и других российских филармоний, Национальный симфонический оркестр Украины, Национальный филармонический оркестр Югославии, Vlaams Radio Orkest (Бельгия), Gytonggi Philharmonic Orchestra (Ю. Корея) и другие.
Концерты с участием Ю.Ткаченко проходили в Большом зале Московской консерватории, Колонном зале Дома Союзов, Концертном зале им. П.И.Чайковского, Большом зале Санкт-Петербургской филармонии им. Шостаковича, в Сантори-холл (Токио), в Арт-Центре (Сеул), в зале Конгресс-Палас и Auditorio Nacional de Musica (Мадрид), Palau de la Musica (Барселона), зале им. Моцарта (Сарагоса), Доме Польского радио (Варшава) и многих других залах мира.
Дирижер сотрудничал с известными российскими и зарубежными солистами. Среди них Виктор Третьяков, Владимир Овчинников, Максим Федотов, Алексей Скавронский, Денис Мацуев, Сергей Тарасов, Екатерина Мечетина, Мирослав Култышев, Владимир Мищук, Борис Андрианов, Татьяна Васильева, Александр Бузлов, Сергей Антонов, Никита Борисоглебский, Сергей Крылов, Анастасия Чеботарева, Николай Саченко, Дмитрий Илларионов, Артем Дервоед, Михаил и Андрей Ивановы, Игорь Бутман, Аркадий Шилклопер, Анна Винницкая, Лилия Зильберштейн, Юко Мифуне, Маюко Камио, Иллиан Гирнет,Сергей Ролдугин, Алексей Бруни.
Юрий Ткаченко принимал участие в престижных фестивалях: имени В. Лютославского и «На перекрестке культур» в Польше, «Европалия 2005» в Бельгии, Сгеsсеndo в России. Летний фестиваль в Дубровнике и «Сплитско лето» в Хорватии, фестивале телевидения «Фуджи» в Японии. Выступление дирижера на Третьем Фестивале оркестров мира (Москва, 2008) пресса единодушно называла открытием фестиваля. Юрий Ткаченко являлся официальным дирижером Пятого и Шестого Юношеского международного конкурса имени П.И.Чайковского.
С 2007 по 2011 год Юрий Ткаченко был Художественным руководителем и главным дирижером Ростовского академического симфонического оркестра. За этот период оркестр заявил о себе как о ярком и динамично развивающемся коллективе России. С большим успехом прошли первые в истории оркестра зарубежные гастроли в Польше, Италии, Испании, Японии, Южной Корее, Китае.
Главное место в репертуаре дирижера занимает русская и западноевропейская классика. Критики отмечают безупречный вкус и глубину интерпретаций исполняемых им произведений. Сочинения современных композиторов также являются частью репертуара дирижера. Э.Денисов и К.Шимановский, К.Пендерецкий и В.Кикта, В.Лютославский и А.Чайковский – вот неполный перечень авторов, которых исполнял дирижер в текущем сезоне.
Дирижер записал 10 компакт дисков с Русским симфоническим оркестром фонда П.И.Чайковского с произведениями И.С.Баха. В.А.Моцарта, Ф.Мендельсона, Ф.Пуленка, А.Глазунова, П.И.Чайковского. Им впервые была исполнена новая редакция незавершенной П.И.Чайковским симфонии Еs-duг, записана музыка к отечественным и зарубежным кинофильмам и спектаклям.
Юрий Ткаченко – Заслуженный артист России (2002), Заведующий кафедрой оркестрового дирижирования МГУКИ, профессор (2007).